Montar uma rede com o padrão 568A e outra com padrão 568B? isso influênciará na velocidade de transferencia dos dados?

Não influencia em nada a velocidade. A unica coisa de diferente é a posição dos pares de cabos no conector RJ45. Quando se quer conectar o PC a um switch deve-se usar nas duas pontas do cabo o padrão 568A.
Quando você que conectar PC-PC deve-se utilizar em uma ponta 568A e na outra 568B